O paço, habitado por vários monarcas portugueses, entre os quais D. Manuel I, D. João III e D. Sebastião, perdeu-se definitivamente no ano de 1895, tendo sido mandado destruir em 1619, aquando da visita de Filipe III ao país, que mandou destruir o palácio em pról da comunidade.

O paço era, segundo crónicas da altura, um dos edifícios mais notáveis do reino, tendo como principais construções o claustro da renascença, a Sala da Rainha, o refeitório e a biblioteca régia, sendo esta uma das primeiras do país.

Actualmente, o que resta do palácio é apenas a Galeria das Damas, representante exímia do estilo manuelino, mas com traços da renascença e que sobreviveu devido à sua utilização para Trem Militar. Esta compõe-se de um piso térreo, de planta rectangular, onde subsiste a Galeria, um pavilhão fechado e o alpendre. No piso superior existem dois salões e um vestíbulo de estilo mourisco. Do lado de fora existe o torreão, este é constituído por dois andares e terminando num pináculo hexagonal com uma porta manuelina.

O Palácio de Dom Manuel, sito em Évora, Portugal, outrora conhecido por Paço Real de S. Francisco foi mandado construir por D. Afonso V, que desejava ter na cidade um paço real fora do castelo para se instalar.

O paço, para além de ter sido uma das maiores obras arquitectónicas do país, teve também uma enorme importância histórica, pois foi nele que Vasco da Gama foi investido no comando da esquadra da Descoberta do caminho marítimo para a Índia e foi também no palácio que Gil Vicente representou sete dos seus autos, dedicados às rainhas D. Maria de Castela e D. Catarina de Áustria.